Svůj debut zaznamenal už v únoru 1999 v zápase proti Ománu. Největší pozornosti v reprezentaci se těšil hlavně díky souboji o místo brankářské jedničky s hráčem Bayernu Mnichov Oliverem Kahnem. Ačkoli byl Kahn mnohem zkušenější v reprezentačních zápasech, už v dubnu 2006 někdejší trenér Německé reprezentace prohlásil Lehmanna jasnou jedničkou pro světový šampionát odehrávající se v jeho rodné zemi.
Rivalita mezi ním a Kahnem byla obrovská. Slavnější z dvojice Kahn dával během šampionátu jasně a hlasitě najevo, že se mu pozice brankářské dvojky vůbec nelíbí. Přesto ve čtvrtfínále, které Německo sehrálo proti Anglii, zašel za Lehmannem a před penaltovým rozstřelem mu popřál mnoho štěstí. Toto gesto napomohlo Lehmannovi, aby přátelsky nabídl Kahnovi místo v základní sestavě v zápase o 3. místo, ve kterém Německo zvítězilo.
